Eskişehirspor’da 2 sezon görev yapmıştır. 2011-2012 sezonunda Süper Lig’i 5. Bitirip UEFA Avrupa Ligi’ne gitmeye hak kazanmıştır. 2012-2013 sezonunu ise sekizinci bitirmistir.

Fenerbahçe’nin Aykut Kocaman‘dan boşalan Teknik Direktörlük görevine 28 Haziran 2013 tarihinde 1 yıllık sözleşme ile Fenerbahçe futbol takımı teknik direktörlüğüne getirilmiştir. Ersun Yanal bol prese dayalı, öncelikle hücumu düşünen, gol yememekten çok gol atmayı amaçlayan felsefesiyle özellikle iç saha maçlarında Fenerbahçe taraftarına zevkli maçlar izletecektir.